Die Gemeinde Vahrn umfasst Gebiete im Eisacktal und weiträumige Flächen in den Sarntaler Alpen.
Der Hauptort Vahrn liegt auf 650 m Höhe auf der orographisch rechten, westlichen Seite des Eisack. Auf der gegenüberliegenden Flussseite befindet sich die Fraktion Neustift (600 m). Im Westen des Gemeindegebiets erheben sich die Sarntaler Alpen, deren in Vahrn liegende Abschnitte durch das Schalderer Tal, das Spilucker Tal und das Flaggertal gegliedert werden. Das Schalderer Tal bietet der Fraktion Schalders (1150 m) Platz, das Spilucker Tal der kleinen Ortschaft Spiluck (1300 m); das Flaggertal, von dem nur der obere Abschnitt zu Vahrn gehört, ist hingegen unbewohnt.